根据农历的干支纪法，1990年为庚午年，午属火。而六月十五日凌晨三点，在农历中属于子时。根据五行理论，庚属金，午中藏有丁火，而子时则对应于水。此女命的五行中金、火、水较为显著。
要确定五行是否“缺”什么，需要结合整个八字系统进行综合分析。仅凭出生年份和时辰的五行属性，无法直接判断五行“缺”什么。因为五行的强弱与日、月、时辰的干支属性以及命理中的“用神”等密切相关。
通常而言，需要借助专业的命理师通过排盘、八字合盘等手段来具体分析每一个五行的力量和状态，以及相互之间的相生相克关系，进而确定哪一个五行是否为“弱”或者“缺失”。还会结合父母的命理以及祖辈的风水环境等来全面判断。
但在此基础之上，可以简要说明一些五行在命理中的重要性及作用。例如，金代表着坚强和果断，火代表活力和热情，水则象征智慧和流动变化等。每个人出生时五行的配置不同，因此个人性格、运势也会有所不同。而命理中所谓的“缺”并非绝对不足，而是指某种五行属性在整体命局中相对较弱或不平衡。
对于此女命而言，要获得准确的五行缺失情况，需要进一步通过专业的八字排盘和命理分析来得出结论。在了解自己的五行属性后，可以针对性地调整生活环境、饮食习惯、职业选择等方面来平衡五行力量，以期望达到命运和谐的目的。